После распада Советского Союза природоохранное регулирование в Туркменистане практически не изменилось. Новое правительство создало в июле 1992 года Министерство использования природных ресурсов и охраны окружающей среды с отделами, отвечающими за охрану окружающей среды, защиту флоры и фауны, лесное хозяйство, гидрометеорологию и административное планирование.

Как и другие республики СНГ, Туркменистан учредил Экологический фонд, основанный на доходах от экологических штрафов, но размер штрафов, как правило, слишком низок для накопления значительных доходов. Благодаря бывшей советской системе заповедников и усилиям Общества охраны природы и Академии наук, флора и фауна республики получили определенную защиту; однако «валютная охота» богатые западные и арабские бизнесмены уже истощают животных в заповедниках.

В Туркменистане есть несколько крупных заповедников: Бадхыз, Репетек, Красноводский и Кугитанг. Экологические — международные соглашения: участник: Киотского протокола по биоразнообразию, изменению климата, изменению климата, опустыниванию, опасным отходам, защите озонового слоя подписан, но не ратифицирован.

Загрязнение в Туркменистане

В Туркменистане меньше серьезных проблем, связанных с загрязнением воды и воздуха, чем в большинстве других бывших советских республик, поскольку в нем сравнительно небольшая тяжелая промышленность, низкая концентрация автотранспортных средств и низкая плотность населения. Основными проблемами загрязнения в Туркменистане является загрязнение почвы и подземных вод  агрохимикатами. Проблемы возникли в результате индустриализации Каспийского моря.

Самые продуктивные хлопковые земли в Туркменистане (средняя и нижняя Амударья и оазис Мургап) получают до 250 килограммов удобрений на гектар по сравнению со средним уровнем внесения 30 килограммов на гектар. Кроме того, большинство удобрений применяется настолько плохо, что, по оценкам экспертов, только от 15 до 40 процентов химикатов могут абсорбироваться хлопчатником, а оставшаяся часть смывается в почву, а затем в грунтовые воды.

Хлопок также использует гораздо больше пестицидов и дефолиантов, чем другие культуры, и фермеры часто неправильно применяют эти химикаты. Например, местные пастухи, не подозревая об опасности ДДТ, по сообщениям, смешали пестицид с водой и применили ее к своим лицам, чтобы отпугнуть комаров. В конце 1980-х годов в Центральной Азии началась кампания по сокращению использования агрохимикатов. В Туркменистане кампания сократила использование удобрений на 30 процентов в период с 1988 по 1989 годы. В начале 1990-х годов использование некоторых пестицидов и дефолиантов резко сократилось из-за нехватки твердой валюты в стране.